Tata hubungan kerja lembaga yang terkait dengan akreditasi sekolah/madrasah digunakan sebagai acuan untuk membentuk dan menjalankan tugas serta kewenangan organisasi BAP-S/M. Tata hubungan kerja antara Mendikbud, Gubernur, Bupati/Walikota serta dengan Menteri Agama dan jajarannya sampai ke daerah dengan BAN-S/M.
Hubungan kerja antara BAN-S/M dan Ditjen Dikdasmen dalam rangka koordinasi dan konsultasi pelaksanaan tugas akreditasi di lingkungan sekolah yang berada di bawah pembinaan Ditjen Dikdasmen. Masukan BAN-S/M ke Ditjen Dikdasmen dapat dijadikan sebagai bahan program pembinaan pendidikan dasar dan menengah.
Hubungan kerja antara BAN-S/M dengan Ditjen Guru dan Tenaga Kependidikan adalah meningkatkan kebermanfaatan akreditasi sekolah dalam rangka meningkatkan mutu guru dan tenaga kependidikan. Masukan BAN-S/M ke Ditjen Guru dan Tenaga Kependidikan dapat dijadikan bahan pembinaan mutu guru dan tenaga kependidikan.
Hubungan kerja antara BAN-S/M dengan Ditjen Pendis Kemenag, dalam rangka koordinasi dan konsultasi dalam melaksanakan tugas akreditasi di lingkungan madrasah yang berada di bawah pembinaan Ditjen Pendis, Kemenag. Masukan BAN-S/M ke Ditjen Pendis dapat dijadikan bahan masukan dalam pembinaan madrasah.
Hubungan kerja dengan Balitbang dalam rangka koordinasi dan konsultasi khususnya berkaitan dengan penyusunan program, penganggaran, pelaporan, dan penelitian dan pengembangan akreditasi sekolah/madrasah.
Sesuai peran BSNP dalam hal pengembangan Standar Nasional Pendidikan, BAN-S/M melakukan koordinasi dan konsultasi dalam rangka aplikasi Standar Nasional Pendidikan untuk pengembangan instrumen akreditasi.
Gubernur merupakan mitra penting dalam pelaksanaan akreditasi terutama berkaitan dengan:
Menyediakan sumber daya manusia (personal maupun struktural), dana, data, sarana, dan prasarana.
Memanfaatkan dan menindaklanjuti hasil akreditasi yang dilakukan oleh BAN-S/M sebagai salah satu dasar pengambilan kebijakan.
BAP-S/M melakukan koordinasi dan konsultasi dengan Disdik Provinsi dalam menyiapkan data sekolah yang akan diakreditasi, serta penyampaian tindak lanjut hasil akreditasi untuk bahan pembinaan sekolah di provinsi yang bersangkutan.
BAP-S/M melakukan koordinasi dan konsultasi dengan Kanwil Kemenag dalam menyiapkan data madrasah yang akan diakreditasi, serta penyampaian tindak lanjut hasil akreditasi untuk bahan pembinaan madrasah di provinsi yang bersangkutan.
Sesuai dengan Peraturan Mendiknas Nomor 7 Tahun 2007 tentang Organisasi dan Tata Kerja LPMP, BAP-S/M memberikan masukan hasil akreditasi untuk kepentingan pemetaan mutu dan penjaminan mutu pendidikan.
BAP-S/M melakukan koordinasi dan konsultasi dengan Bupati/Walikota dalam persiapan dan pelaksanaan akreditasi sekolah/madrasah serta pemberian informasi tentang hasil akreditasi dan tindak lanjut di kabupaten/kota yang bersangkutan.
BAP-S/M melakukan koordinasi dan konsultasi dengan Disdik Kabupaten/Kota dalam menyiapkan data sekolah yang akan diakreditasi, serta penyampaian tindak lanjut hasil akreditasi untuk bahan pembinaan sekolah di kabupaten/kota yang bersangkutan.
BAP-S/M melakukan koordinasi dan konsultasi dengan Kankemenag Kabupaten/Kota dalam menyiapkan data madrasah yang akan diakreditasi, serta menyampaikan hasil dan rekomendasi tindak lanjut akreditasi untuk bahan pembinaan madrasah di kabupaten/kota yang bersangkutan.
Hasil dan rekomendasi tindak lanjut akreditasi yang disampaikan kepada sekolah/madrasah menjadi masukan penjaminan mutu sekolah/madrasah yang bersangkutan.