Pemilihan Ketua dan Sekretaris BAN-S/M

Ketua dan Sekretaris BAN dipilih oleh anggota berdasarkan suara terbanyak dan ditetapkan oleh Menteri. Selanjutnya pada Permendikbud 59 tahun 2012 disebutkan bahwa Ketua dan Sekretaris BAN harus bekerja penuh waktu.